Bij meerdere depots waarbij bij ieder depot eigen materiaal en eigen orders mogelijk zijn, is het mogelijk een efficiëntere planning te maken dan wanneer ieder depot apart gepland wordt. De mogelijkheid bestaat namelijk dat een rit vanuit depot A eindigt in de buurt van depot B en daar opnieuw gaat laden en een retourrit uitvoert met zendingen van depot B. Vanzelfsprekend zal dit niet voor alle zendingen van toepassing zijn en er moet rekening gehouden worden met tijdvensters, maar er zijn efficiënte combinaties mogelijk.

In de praktijk blijken dit soort  planningen geautomatiseerd zeer moeilijk te maken. Software leveranciers kunnen in semi-maatwerktrajecten hier verregaande mate aan tegemoet komen, maar er zijn genoeg situaties waarbij de planner na wat puzzelen met een multi-depot oplossing kwam die 5 tot 10% efficiënter was dan de software berekend had. Wel kon in deze praktijksituaties de software een route handmatig gemaakt door de planner nog een paar procent optimaliseren. Samenspel tussen de planner en de software kan hier leiden tot een mooie en efficiënte overall-planning.

Nog lastiger wordt het wanneer depots samenwerken en trailers gaan omkoppelen. Voor de chauffeur betekent dit minder tijdverlies door wachten: hij kan gelijk door. Het plannen van zo'n rit waarbij een zending meestal gecrossdockt wordt is voor een planner wellicht heel logisch, maar een geautomatiseerd ritvoorstel hiervoor maken is vandaag de dag nog heel moeilijk.  Hoewel dit een hoge mate van efficiency kan opleveren is de inzet van een goede planner (geholpen door de software) nog steeds noodzakelijk. In zo'n situatie is tevens de link naar een TMS vrijwel niet te voorkomen: het TMS houdt bij waar de trailers zich bevinden en weet welk materiaal aan de plansoftware op een specifieke locatie beschikbaar gesteld kan worden. Een ideaal koppelmoment valt namelijk helemaal in het water als er op dat moment geen (goede) omkoppel-trailers beschikbaar zijn.